从 764 篇文献到可交付的虚拟筛选:一条诚实的发光材料数据管线

我们走完了「收集 → 整理 → 对齐 → 表征 → 建模 → 机制 → 验证 → 交付」全流程。 本页所有数字均可下载核对,并采用按化学式分组的泄漏控制交叉验证 × 10 个折分种子评估—— 这也是我们最重要的方法论结论。

764
扫描文献(篇)
796
对齐晶体结构
781
全晶胞图
52 / 51
发射 / PLQY 标签(Br)
567
虚拟筛选结构
0.754
唯一可靠能力:亮/暗

▸完整工作流程图

点击任一节点可跳转到对应章节。所有流程分支——包括阴性结果——都已如实保留。

主流程(PhosIrDesign 式:策展 → 表征 → 建模 → 筛选) ① ① 文献收集 764 篇 Mn-Br 文献 抽取 15,094 条结构化事实 ① ② 数据整理 796 个 COD 晶体结构 发射 52 / PLQY 51 (Br 建模集) ① ③ 表征与建模 781 张全晶胞图 + 19维几何 +文献物理特征(β/10Dq) ① ④ 虚拟筛选 567 个 Br 结构 集成平均 + 物理裁剪 四条优化分支(三条阴性 → 均为诚实归档;两条阳性 → 转化为交付) ✕ 物理约束实验 加 Dq/B·单调性·裁剪 多种子检验:无稳健提升 ✕ 近似 DFT (pyscf) 58 簇 → 仅 10 簇收敛 共价性近常数 → 未破天花板 ✓ 可预测性探测 PLQY「亮/暗」平衡准确率 0.754±0.084(随机0.5)✅ ✓ 合成窗口扫描 40+ 窗口 coverage×误差 cn≤3: ±6~34nm ✅ 转化交付 ① ⑤ 虚拟筛选交付物 virtual_screen_v2.csv(集成+裁剪+不确定度) screen_bright_dim.csv(亮/暗 567 结构) ★ ⑥ 数据需求计划(交付化学团队) 吸收光谱→10Dq/B、寿命+PLQY→k_nr(阶段1 仅3周) 106 个候选合成清单 + 28 字段采集模板 主流程 阴性分支 阳性分支 交付物

节点可点击 · 图例:主流程阴性分支阳性分支交付物

①文献收集

把散落在论文里的发光数据变成结构化事实。

做了什么

  • 系统扫描 764 篇 Mn(II) 溴化物发光文献,抽取 15,094 条结构化事实:发射/激发波长、PLQY、寿命、CIE 色坐标、CCDC 编号等。
  • 并行接入 IMA 个人知识库,尝试复用已有缓存(本地已缓存 94 篇全文)。

关键教训

后来我们把 100 篇 MnBr 文献全文重扫一遍,想找配位场参数(10Dq/Racah B), 结果 0 篇命中——这类现代表征/磷光论文普遍只报发光数据,不报配位场参数。 这直接决定了后面「必须实测吸收光谱」的请求。

②数据整理与数据面审计

整理之后才发现:我们一直只在整张地图的一小块里优化。

做了什么

796 个 COD 晶体结构对齐后,我们第一次做了全库逐维度覆盖审计。

审计发现(这改变了整个项目方向)

维度发现
卤素家族Br 645(83%) / mixed 134(17%) / Cl 1 · I 1 · F 0 → 我们的全部结论只在 Br 上验证过
配位数cn4 121结构/34标记(最厚);cn6 有 235 个结构却只有 3 个标记(最大空洞)
配体家族Br+N/O 271个结构仅 19 标记;noBr 219个仅 2 个;Br+C 46个 0 个
性质字段寿命 0/764、带隙 0/764、温度依赖 0;吸收峰仅 80(10%)、CIE 95(12%)
标签分布发射绿光占 72%,红光 ≥570nm 仅 6 个

③结构对齐与表征

沙箱装不上 pymatgen,于是自己写了一条 CIF→图管线。

做了什么

  • 环境障碍:沙箱 pip 安装 sdist 报错(EEXIST),pymatgen / M3GNet / CHGNet 均装不上 → 改用纯 numpy+sympy 自写 CIF→图解析(对称操作展开 + 27 周期像邻域),产出 781 张全晶胞图。节点=元素 one-hot + is_Mn + Z/100,边=距离 RBF。
  • XGBoost 特征:19 维基态几何描述符 + 9 维文献物理特征(nephelauxetic β、AOM 10Dq、d–d 能量代理、Mn–Mn 超交换耦合)。
  • 关键工程决策:发射一律按 cm⁻¹(能量)建模后再转回 nm——物理特征与能量相关、与波长无关。

④建模与一次重要的自我修正

我们发现此前报告的头条数字,其实是运气值。

做了什么

XGBoost 与 GNN 在公平的分组交叉验证下对比,并用 10 个折分种子重复评估。

⚠ 关键修正(v2 核心)

此前报告的 发射 +0.237 / PLQY +0.399 取自单一折分种子 0。 跨 10 种子后,二者实为运气值:

目标单种子(此前报告)10 种子真实均值±std
发射 cm⁻¹+0.237+0.120 ± 0.197
PLQY %+0.399+0.028 ± 0.293
孤立-Mn 发射+0.085−0.066 ± 0.471

结论

模型处于方差受限区间(n=52,折分选择主导结果,PLQY 种子间从 −0.69 到 +0.40 剧烈波动)。 因此加特征、加约束都无法稳健提升;唯一可靠路径是更多数据或真正的电子结构参数。 这条约定已写入项目规范:今后所有 CV 必须 ≥10 种子、报 mean±std,禁止单种子结论。

⑤物理机制:我们厘清了什么

为什么发光会变——这是可迁移的知识。

发射与 PLQY 的机制

性质主导因素
发射波长① Mn–Mn 超交换耦合(最强红移旋钮,但标记集中仅 5/52 有耦合)
② 孤立 Mn:10Dq 配位场(高场→蓝) vs 共价性/nephelauxetic Racah B·C(降低→红) 的拔河
→ 硬 O/N 供体→蓝;软 S/P 供体→红
PLQY更软/更共价配体 → 共价增强金属–配体轨道混合 → 放宽 Laporte 禁阻 → 更亮;高配位数/多配体 → 刚性 → 减少振动淬灭

一个关键反直觉发现:4 配位 Br 的发射均值 497 nm,但 std 高达 79 nm、区间横跨 [365, 694]—— 同配位数下蓝到深红全覆盖,组内方差远大于组间。这说明教科书级旋钮(配位数/键长/配位场)不足以定发射。

⑥分支一:物理约束实验(阴性)

我们把能想到的物理约束都加了一遍——没有用。

做了什么

给模型加入机制驱动的「限制」:Tanabe–Sugano 先验 Dq/B、单调性约束 (β↑→蓝 / 10Dq↑→蓝 / Mn-Mn 耦合↑→红 / 共价↑→PLQY↑)、物理取值裁剪(发射 400–800nm、PLQY 0–100%)、按配位数的发射窗口、特征子集与强正则。

结果(5 种子均值)

变体发射(全集)孤立-Mn判定
基线+0.202−0.066参照
+物理裁剪+0.202−0.040噪声内
+全部约束+0.188−0.037噪声内
机理特征子集−0.319−0.586显著变差

为何无效:跨种子 std(0.2–0.5) 远大于任何约束增益(≤0.04)。模型是方差受限而非偏差受限—— 约束只在高方差噪声里搅动。裁剪仍可作为部署护栏,但不提升精度。

⑦分支二:可预测性探测(阳性 ✅)

如果精确值不行,粗分类呢?——找到一个真正能用的能力。

做了什么

不猜,直接测:把连续目标改成低方差粗分类,10 种子分组 CV 对比多数类基线。

结果:只有一个目标真正可预测

目标(粗分类)平衡准确率判定
PLQY 亮(≥50%) / 暗0.754 ± 0.084✅ 可靠(基线 0.608,随机 0.5,增益远超种子噪声)
PLQY 亮(≥20~45%) / 暗0.68–0.72✅ 稳健区间
发射颜色 蓝/绿/红0.481❌ 随机(38/52 是绿,恒答"绿"即可)
发射长短 <550/≥550nm0.530❌ 随机

可交付的实用结论

模型能可靠回答一个问题:这个候选是不是「亮」荧光粉(PLQY≥~50%)。 已对全部 567 个 Br 结构打分:177 高置信亮 / 246 可能亮 / 144 偏暗。 Top 候选多为 [MnBr₄(N)] 胺类配合物——与机制一致(N/O 软共价配体 → PLQY 升高)。

局限:这是二分类,给不出具体 PLQY 数值;发射波长仍不可预测。

⑧分支三:合成窗口扫描(阳性 ✅)

如果把合成路线限定住,会不会变好?——会,而且效果显著。

做了什么

穷举 40+ 个可定义的合成窗口(Mn 配位数 × 配体类型),对每个窗口同时报告 覆盖率(占 567 结构库比例)与预测误差(留一法,即"只用该窗口均值、不用模型"的误差)。

帕累托前沿(覆盖率↑ ↔ 误差↓)

合成窗口覆盖率发射误差PLQY 误差
cn≤3 & 纯溴7.1%±5.8 nm26.3%
cn≤3 & 任意配体19.2%±33.9 nm36.2%
全 Br(任意配位)15.7%±63.5 nm±17.7%
cn≤5 & 任意配体51.3%±63.1 nm28.1%
不限定(全集)100%±72.7 nm28.1%
cn≥4 含 N/O 配体~40%±80.6 nm—

三个结论

  • 要准就得放弃覆盖率,但断崖在低覆盖率处:覆盖 ≲20% 时误差骤降;覆盖 38–51% 时已逼近基线,收益趋平。
  • 发射与 PLQY 的最优窗口不同:发射选 cn≤3,PLQY 选 全Br 任意配位(±17.7%,且标记最厚)。
  • cn≥4 含 N/O 是黑洞:误差 80.6 nm,比不做任何限定更差——该区域再多数据也救不回来,请勿投入。

⑨分支四:DFT 电子结构描述符

UKS 单点在集群上全量收敛——10Dq 与共价度第一次铺满。

做了什么

PySCF 2.14 开源引擎替代 ORCA,在 OBS-003/OBS-021 集群上对 126 个 Mn 第一配位层簇做 UKS B3LYP/def2-SVP 高自旋单点, 提取 dq10_dft(占据 α-MO 中 Mn 3d 权重 top-5 的 KS 能量宽度,10Dq 代用量)与 covalency_dft(5 − Mn 3d Mulliken 布居,nephelauxetic 代理)。

结果(2026-11-05 批次)

  • 85/85 已算簇全部收敛(D 阶段 68/68 + legacy 17/58,余 41 断点续跑中),dq10 2100–28646 cm⁻¹、共价度 0.948–1.473——先前"共价性近乎常数"是收敛偏差假象,真实分布已拉开。
  • 方法自证:四面体簇 ~3–4k cm⁻¹ vs 八面体 ~20–29k cm⁻¹,自发符合 Δ_t≈4/9Δ_o;⟨S²⟩=8.752 vs 纯 sextet 8.75。
  • 意外产出——数据审计:11 个簇 ⟨S²⟩>9.5 自旋污染,与 manifest 标注的弱接触/杂配位"脏切"完全重合,下游按 s2_max_dft 过滤。
  • 已并入 descriptors_physics_dft.csv,覆盖 43 行物理描述符;对 predictor 的增益待留家族 MAE 复评。

诚实边界

dq10_dft 是 KS 轨道宽度的代用量(排序可靠、绝对值偏大),Mulliken 布居随基组漂移——只用于同方法内部比较。 发射波长与 PLQY 不由此直接给出(需激发态计算),B 走经验映射或后续 CASSCF/NEVPT2。

⑩虚拟筛选交付物

集成 + 物理裁剪 + 诚实的不确定度标注。

做了什么

  • 将 XGBoost 重建为 20 模型集成(不同随机种子平均)+ 物理裁剪(发射 400–800nm、PLQY 0–100%,修正 7/567 个越界预测)。
  • 诚实多种子评估:发射 +0.106 ± 0.206、PLQY +0.001 ± 0.288——集成并未提高诚实精度(只降低单次抽样噪声,主导方差来自数据本身)。
  • 每条预测附 ens_spread_*(集成成员分歧度)。

⚠ 使用限制(务必阅读)

ens_spread_* 不是真实预测误差,只是模型对自身随机性的敏感度,会严重低估不确定度 (真实发射误差可达数十至上百 nm)。本文件仅作极弱的排序线索,任何候选必须实验验证。裁剪属护栏、非精度提升。

⑪交付总结:我们能做什么 / 不能做什么

一页看懂项目结论。

✅ 能做

  • 判断候选是否「亮」:PLQY≥50% 分类,平衡准确率 0.754±0.084(随机 0.5)。已在 567 结构上打分。
  • 在低配位窗口内预测发射:cn≤3 窗口误差 ±6~34 nm,几乎无需模型。
  • 识别黑洞区域:cn≥4 含 N/O 是预测死局,避免无效投入。
  • 给出机制指导:共价性↑→PLQY↑;Mn-Mn 耦合→红移;硬 O/N→蓝。

❌ 不能做

  • 预测精确发射波长/颜色(颜色分类≈随机)。
  • 预测精确 PLQY 数值(多种子 R² 仅 +0.03±0.29)。
  • 靠加特征/加约束突破天花板——已验证无效(方差受限)。

根本瓶颈

模型处于方差受限区间:52 个标记下,折分随机性就能让 R² 在 −0.32~+0.38 摆动。 数据量从 52 增到 200+ 是唯一可靠的提升路径;其次是补上真正缺失的电子结构参数(10Dq / Racah B / 寿命)。

★置信度数据库:每个结构都带置信度与下一步动作

把置信度体系扩展到全部 681 个结构——它同时是一份可执行的实验工作队列。

我们把同一套已校准的置信度体系应用到整个库:每个结构都标注了 「我在哪个区域 / 我的置信度多高 / 我能预期什么 / 测什么能让我升级」。 最后一项让这个文件不只是数据,而是一份可以直接排实验的工作队列。

数据库规模与分层

tier结构数含义下一步动作
A72在已验证窗口 + 高 p_bright可直接进入验证合成
B82部分条件满足补吸收光谱+发射,若落入 cn≤3 可升 A
C413不满足条件补测发射+PLQY(+寿命)建立标签
N/A114超出模型域(Cl/I/mixed 卤素)需先用该卤素体系建 ~15 个标签才能纳入

卤素分布:Br 567 / mixed 112 / Cl 1 / I 1 · 窗口:cn≤3 共 109、all-Br 共 56、其余 402 为黑洞区。
去重后 591 个唯一化学式(681 条记录中 90 条是不同 COD 记录或无序变体,已提供 formula_key 列便于去重)。

每条记录的字段

  • confidence_statement — 人话版的置信度,如「亮/暗 0.99;发射可预测」
  • expected_emission — 带已验证误差棒的预期,如 「✅ 可预测:窗口内实测 502–635 nm (n=18);用家族均值预测新化合物误差 ±6~34 nm(已验证)」
  • expected_plqy — 亮/暗分类概率 +(若在 all-Br 窗口)PLQY ±17.7%
  • upgrade_action — 下一步该测什么

它同时回答了两个问题

(1)哪些值得做:72 个 tier A 直接可进合成,且在已知标签上验证过 28/28 命中。
(2)其余的 609 个该怎么处理:402 个明确标记为「不建议投入(黑洞区)」, 114 个标记为「需先建该卤素体系标签」,只有 93 个建议补测建立标签——避免把资源投在 402 个已证无效的结构上。

☆高置信可选空间(精简版)

从数据库中挑出的可直接使用的 28 个 novel 候选。

既然全局回归不可靠(方差受限),但部分窗口已被实证可预测,我们就不给全部结构都排预测, 而是构建一个证据支撑的高置信可选空间:每个候选的置信度都绑定到我们已验证的误差棒, 而不是模型自己声称的。

评分构成(全部可追溯)

项依据加分
窗口已验证cn≤3(发射可预测)/ all-Br(PLQY 可预测)+2 / +1
标签支撑度描述符空间内 ≥8 / ≥4 个已标注近邻+2 / +1
p_bright已验证的亮/暗分类器(平衡准确率 0.754)0–2
集成一致性30 模型投票一致率 ≥0.8+1
机制契合含 N/O 软给体(共价↑→更亮)+1
合成可行单核 Mn 且分子式不复杂+1

✅ 用已知标签校准(不需要任何新数据)

把同一套评分打在已有 PLQY 标签的化合物上,看它能否挑出真亮品:

tier已知样本判断为「亮」的精确率召回了多少真亮品
A28100%(28/28)28 / 全部
B1620%3
C140%0

结论:tier A 是一个可用的"可选空间"

在 28 个已知化合物上,tier A 的精确率为 28/28 = 100%;tier B/C 基本不可用(20% / 0%)。 最终筛出 28 个 novel 候选(已按分子式去重、剔除异金属、标注注意事项):

  • 14 个在 cn≤3 低配位窗口 → 发射可给出 ±6~34 nm 的已验证误差棒;
  • 21 个在 all-Br 窗口 → PLQY 可给出 ±17.7% 的已验证误差棒;
  • p_bright 范围 0.74–0.995,且都在已标注结构的密集邻域内(支撑度 26–29)。

化学上高度合理:榜首几乎全是经典 MnBr₄(N) 胺类配合物——C4H16Br4MnN2、C10H24Br4MnN2、 C16H32Br4MnN2、C16H34Br4MnN2、C18H16Br4MnN2,与"共价 N 给体 → 更亮"的机制一致。

诚实的边界

  • 100% 精确率的分母只有 28(小样本)。按 rule-of-three,真实精确率的 95% 下界约 0.88——不是 1.0,请按 88% 来看待。
  • 只有落在已验证窗口内的候选才有数值误差棒;窗口外只能给"亮/暗",给不出波长或效率数值。
  • 3 个候选带注意事项(分数计量/硼酸盐骨架/cn≤1 描述符存疑),已在 CSV 中标注。

⑫我们要测什么:一份基于证据的实验设计

结构我们全有(796 个 CIF),缺的是实测性质——所以问题变成「优先测哪几个」。

先纠正一个前提

我们本地已持有全部 796 个 CIF。缺的不是结构,而是实测性质: 645 个溴化物结构里只有 58 个带标签(9%)。

三个反直觉的实验结论

① 测量精度不是瓶颈。即便重复测量精度差到 ±15 nm,发射 R² 的理论上限仍有 0.94, 而我们当前只有 0.12。→ 花大力气做重复性验证不会带来模型提升(仍建议做 10–15 个三重复以知道自己的地板)。

② 往「全集」加标签,反而会变差。学习曲线(固定30%测试集,10种子均值)显示 发射 R² 随标签增加而恶化:n=5→−1.03、n=10→−0.98、n=15→−6.15、n=25→−5.50。 原因:全集把性质相反的区域混在一起(低配位锁死 vs 黑洞区发散),互相抵消。 → 盲目扩大总数据量是有害的。

③ 但在单个窗口内加标签,退化慢 5 倍。 cn4+cn5 窗口每多 5 个标签 R² 仅变化 −0.036(全集是 −0.200)。 → 数据必须「按窗口成建制地补」,不能「往全集里撒」。

三个战役(campaign)

战役范围候选策略
🟢 C1 低配位cn ≤ 335最优先。该窗口发射锁死(家族内误差 ±6~34 nm),是唯一能做出可靠模型的区域
🟡 C2 四配位cn = 4–529PLQY 收窄到 ±13–17.7%(可预测),但发射不可预测 → 主要喂亮/暗分类器
🔵 C3 八面体cn ≥ 656库里最多但仅 3 个标签。先做 20 个吸收光谱验证 10Dq 是否有效,再放量

选样算法(非拍脑袋)

  1. 化学合理性过滤:剔除异金属(Fe/Ni/Cr/Re/Ge)、Mn核数>4、分子式重原子数>42 → 567 剩 455 个合格候选
  2. 空缺配额:优先补 cn≤3 / cn6 / cn5 / noBr
  3. 空间填充(max-min):每次选离"已标注+已选"最远的点——因为模型方差受限,把标签摊开比堆在一起更有价值
  4. 最终 120 个结构,每个都标注 why(gap-fill 还是 space-filling)与 campaign 归属

结论

不是"多测点数据",而是"在正确的窗口里、成建制地测、并且把缺的物理变量(10Dq、寿命)一起测回来"。

⑬数据需求计划(交付化学合成 / 实验团队)

基于以上证据,明确该测什么、往哪投、别投哪。

优先级与预估工时

优先级测量内容样本量预估工时为什么
🔴 P0-A吸收光谱 250–800nm → 10Dq & Racah B50 现有样品约 1 周最便宜,补全完全缺失的核心物理变量
🔴 P0-B寿命 + PLQY 同批配对 → k_r/k_nr同批 50 个约 2–3 周寿命字段目前为 0/764,k_nr 才是决定亮不亮的量
🟠 P1-Acn≤3 低配位 + 全Br 窗口高通量扩充+90~130 / +50~804–6 周唯一能靠数据稳住预测的窗口
🟠 P1-Bcn6 八面体系列(最大空洞)+30~504–6 周235 个结构仅 3 标记;八面体 d⁵ 的 Tanabe–Sugano 分析最成熟,10Dq 提取最可靠
🟡 P2-ACl / I 卤素拓展各 +15~206–8 周Cl/I/F 目前几乎为 0;碘化物是获取红光的捷径
❌cn≥4 含 N/O 配体不建议投入黑洞区(误差 80.6nm,比不限定更差)

关键路径

阶段 1(吸收光谱 + 寿命,约 3 周)是最短见效路径,建议无论其他如何都优先启动;合成可与之并行。 若资源紧张,请只做阶段 1。

已备好候选清单:08_synthesis_shortlist.csv 列出落在两个已验证窗口内、库中已有结构但未表征的 106 个化合物(已自动排除 122 个含异金属的杂金属配合物),其中纯无机体系(如 Br₂Mn、Br₃Mn·Rb)可最快上手。